Налоговый учет медицинских услуг: заполнение декларации об НДС на медицинские услуги

Медицинские услуги по диагностике, профилактике и лечению при соблюдении требований статьи 149 НК РФ освобождены от НДС. Но освобождение самой операции не всегда освобождает медицинскую организацию от подачи декларации.

Например, клиника на УСН с доходом до 20 млн рублей в 2026 году пользуется автоматическим освобождением от обязанностей плательщика НДС по статье 145 НК РФ и обычно декларацию по этому налогу не представляет. А клиника, которая является плательщиком НДС, но оказывает освобождённые медицинские услуги по статье 149 НК РФ, отражает такие операции в разделе 7 декларации. 

Разберём, кто должен заполнять раздел 7, какие данные указывать в каждой графе и как организовать налоговый учёт медицинских услуг.

Какие медицинские услуги освобождены от НДС

Подпункт 2 пункта 2 статьи 149 НК РФ освобождает от налога определённые медицинские услуги, оказываемые медицинскими организациями и индивидуальными предпринимателями, осуществляющими медицинскую деятельность. Ключевое значение имеет соответствие услуги установленному перечню и наличие необходимой лицензии.

Поэтому налоговый учёт нужно строить так, чтобы данные об оказанной услуге, лицензии, медицинской документации и бухгалтерской операции соответствовали друг другу. Если организация одновременно оказывает освобождённые медицинские услуги и ведёт облагаемую деятельность, возникает необходимость раздельного учёта.

Кто должен сдавать декларацию по НДС

Если доход за 2025 год не превысил 20 млн рублей, освобождение по статье 145 НК РФ действует с 1 января 2026 года. Если в течение 2026 года доход превысил 20 млн рублей, обязанности плательщика НДС возникают с первого числа месяца, следующего за месяцем превышения. Уведомление для автоматического освобождения подавать не требуется, а при обычной деятельности без специальных оснований обязанности выставлять счета-фактуры и представлять декларацию по НДС нет.

После Федерального закона №228-ФЗ лимит 20 млн рублей сохранён до 2029 года включительно.

Если организация работает на ОСНО либо на УСН без освобождения по статье 145 НК РФ, но оказывает медицинские услуги, освобожденные уже по статье 149 НК РФ, декларация требуется. В ней отражаются необлагаемые медицинские операции, в том числе в разделе 7.

Если у организации есть и облагаемые операции, состав остальных разделов зависит от характера этих операций и данных книг покупок и продаж.

Как заполнить раздел 7 декларации по НДС на медицинские услуги

Основная форма и порядок заполнения утверждены приказом ФНС России от 5 ноября 2024 года №ЕД-7-3/989@. Но с отчётности за I квартал 2026 года применяется уже обновлённая форма с изменениями, внесёнными приказом ФНС от 18 декабря 2025 года №ЕД-7-3/1227@.

Раздел 7 содержит данные об операциях, которые не облагаются НДС, не признаются объектом налогообложения либо имеют другие предусмотренные порядком основания для отражения в этом разделе.

Такой порядок ФНС подтверждает и в разъяснениях по заполнению раздела 7 за 2026 год.

Графа 1: код операции. Для обычных медицинских услуг — 1010211. Важно: код должен соответствовать конкретному основанию освобождения.

Для медицинских услуг, освобождаемых от НДС по подпункту 2 пункта 2 статьи 149 НК РФ, используется код операции 1010211. Именно его нужно указывать в графе 1 соответствующей строки раздела 7.

Для других освобождённых операций могут существовать другие коды. Например, ветеринарные услуги после введения самостоятельной льготы отражаются по коду 1011234.

Графа 2: стоимость медицинских услуг. Здесь отражается стоимость медицинских услуг, реализованных за квартал без НДС, то есть если клиника оказала освобожденных медицинских услуг на 3 млн рублей, в графе 2 по коду 1010211 отражается 3 млн рублей.

Для облагаемых операций получение оплаты или частичной оплаты в счет предстоящего оказания услуг может быть самостоятельным моментом определения налоговой базы по НДС по статье 167 НК РФ. Для медицинской услуги, освобожденной от НДС по статье 149 НК РФ, сам факт получения аванса не меняет характер освобожденной операции.

Графа 3: приобретения без НДС. Сам факт применения поставщиком УСН ещё не означает, что он обязательно работает без НДС. В графе 3 отражается стоимость приобретенных товаров, работ и услуг, которые не облагались НДС, в связи с соответствующей освобожденной операцией.

Поэтому нужно смотреть налоговый статус конкретной закупки, а не только систему налогообложения контрагента.

Графа 4: входной НДС, который нельзя принять к вычету. Графа 4 показывает сумму НДС по приобретенным товарам, работам и услугам, относящуюся к освобождённым операциям и не принимаемую к вычету. Если материалы приобретены специально для оказания освобождённой медицинской услуги, входной НДС по ним по общему правилу не используется как вычет для облагаемой деятельности.

Нужно отражать входной налог, который относится к соответствующим необлагаемым операциям и не подлежит вычету в соответствии с правилами статьи 170 НК РФ.

Пример заполнения раздела 7

Предположим, медицинский центр является плательщиком НДС и за квартал оказал лицензированных медицинских услуг, освобождённых от налога, на 2 800 000 рублей.

Для этих услуг он приобрёл расходные материалы:

1. товары без НДС на 150 000 рублей;
2. другие материалы за 122 000 рублей, в том числе НДС 22 000 рублей.

Если эти приобретения полностью относятся к освобождённой медицинской деятельности, строка раздела 7 будет выглядеть по логике так:

Это простой пример. Если одни и те же затраты одновременно относятся к освобождённой и облагаемой деятельности, необходимо применять раздельный учёт и правила распределения входного НДС.

В примере предполагается, что медицинский центр применяет общую систему налогообложения, поставщик выставил счёт-фактуру по ставке 22%, а приобретения полностью относятся к освобождённой медицинской деятельности. Пример не применяется к налогоплательщику на УСН, использующему специальные ставки 5% или 7% без обычных вычетов входного НДС.

Типичные ошибки при заполнении раздела 7

Декларация сдается, хотя клиника полностью освобождена по статье 145 НК РФ. Здесь важно различать основания: если клиника является плательщиком НДС и пользуется льготой по статье 149 НК РФ, освобождённые медицинские услуги отражаются в разделе 7 декларации. Если налогоплательщик на УСН пользуется автоматическим освобождением от обязанностей по НДС по статье 145 НК РФ и нет иных оснований для подачи декларации, сдавать декларацию по НДС не нужно.

Графа 3 заполняется по принципу «всё купленное у УСН». После введения НДС для упрощенцев это правило особенно опасно. Необходимо смотреть, облагалась ли конкретная закупка НДС.

В графе 4 не отражается входящий НДС. Если клиника является плательщиком и несёт расходы с НДС, связанные с освобождёнными операциями, нужно проверить, какая сумма не подлежит вычету и должна отражаться в соответствующей графе.

Нет раздельного учёта. Если одна организация оказывает и освобождённые, и облагаемые услуги, без раздельного учёта корректно определить входной НДС и вычеты невозможно.

Перед сдачей отчётности стоит сверить четыре вещи.

1. Действительно ли организация обязана представлять декларацию по НДС, а не пользуется освобождением статьи 145 НК РФ.
2. Соответствует ли код операции основанию льготы. 
3. Совпадает ли стоимость услуг в графе 2 с налоговым и бухгалтерским учётом.
4. Корректно ли сформирована расходная часть граф 3 и 4 и работает ли раздельный учёт при наличии облагаемых операций.

Раздельный учёт медицинских и облагаемых услуг

Если клиника оказывает только освобождённые медицинские услуги, вопрос распределения между разными видами операций практически не возникает. Но многие медицинские организации одновременно продают товары, сдают помещения, оказывают иные облагаемые услуги или ведут несколько направлений бизнеса.

Тогда расходы можно разделить на три группы:

1. прямо связана с освобожденной медицинской деятельностью;
2. прямо связана с облагаемыми операциями;
3. используется одновременно в обоих направлениях.

Для третьей группы и нужен механизм пропорционального распределения по статье 170 НК РФ. ФНС обращает внимание, что заполнение только графы 2 раздела 7 при полном отсутствии расходной части в графах 3 и 4 нередко указывает на ошибки в раздельном учете.

Какие документы подтверждают освобождение медицинских услуг

Основной документ — действующая медицинская лицензия, которая соответствует фактически выполняемым работам. Также клинике нужны документы, подтверждающие хозяйственную операцию: договоры с пациентами или заказчиками, кассовые документы, бухгалтерские регистры и медицинская документация.

Полезно вести аналитику, по которой можно быстро сопоставить выручку в бухгалтерском учёте с медицинскими услугами и кодами, отражёнными в разделе 7. При камеральной проверке ФНС вправе запросить пояснения и документы, подтверждающие право на заявленную льготу. Пояснения могут представляться в форме предусмотренного ФНС реестра документов.